與普通表面活性劑一樣，氟碳表面活性劑的分類依據其極性基團結構不同可分為離子型和非離子型二大類。離子型又可分為陰離子型、陽離子型和兩性離子型氟碳表面活性劑。

　　1、陰離子型氟碳表面活性劑：

　　根據其極性基團（親水基）不同可分為羧酸鹽類（RfCOO-M）、磺酸鹽類（RfSO3-M）、磷酸鹽類（RfOPO3M）和硫酸鹽類（RfOSO3-M），工業上應用以前三者為主。

　　羧酸鹽類氟碳表面活性劑：一般在強酸或含高價陽離子水溶液中的溶解度較小，但熱穩定性較高；

　　磺酸鹽類氟碳表面活性劑：相對具有更好的耐氧化性，對強酸、電解質敏感性??；

　　磷酸鹽類氟碳表面活性劑：相對發泡性能較差。

　　2、陽離子型氟碳表面活性劑：

　　陽離子氟碳表面活性劑幾乎都是含氮化合物，即有機胺衍生物。由于大多數物質表面顆粒帶負電荷，故陽離子型活性劑易被吸附。

　　3、兩性離子氟碳表面活性劑：

　　兩性離子活性劑分子結構中同時含有酸性基和堿性基，其表現出的離子類型取決于溶液PH值，即在酸性介質中表現為陽離子型，在堿性介質中表現為陰離子型。兩性氟碳表面活性劑酸性基主要是羧酸基和磺酸基，堿性基主要是氨基或季銨基。兩性氟碳表面活性劑具有優良乳化性能，在氟碳材料、紙張、皮革等產品制造過程中用作乳化劑。

　　4、非離子型氟碳表面活性劑：

　　非離子型氟碳表面活性劑在水溶液中不電離，其極性基通常為含氧醚鍵（如聚氧乙烯基）。非離子型比其它類型活性劑更易溶于水、有機溶劑（包括酸、堿介質），與其它類型活性劑的相容性也更好。由于其在水中不電離，故對PH值穩定性高，受電解質、無機鹽的影響也小，但因其極性基為一定數量的含氧醚鍵/羥基組成，故不能應用于強氧化介質，以免造成醚鍵斷裂。