什么是質譜及其目的
質譜的定義
質譜，是一種分析方法，原理就是讓帶電原子、分子或分子碎片按質荷比的大小順序排列，打出相應的譜線。
待分析的樣品分子在離子源中離化成具有不同質量的單電行分子離子和碎片離子，這些單電荷離子在加速電場中獲得相同的動能并形成一束離子，進入由電場和磁場組成的分析器中；其中離子束中速度較慢的離子通過電場后編轉大，速度快的偏轉小；在磁場中離子發生角速度矢量相反的偏轉，即速度慢的離子依然偏轉大，速度快的偏轉小；當兩個場的偏轉作用彼此補償時，它們的軌道便相交于一點。
與此同時，在磁場中還能發生質量的分離，這樣就使具有同一質荷比而速度不同的離子聚焦在同一點上，不同質荷比的離子聚焦在不同的點上，其焦面接近于平面，在此處用檢測系統進行檢測即可得到不同質荷比的譜線，即質譜。
質譜的目的
簡單介紹一下：用質譜鑒定蛋白質，現在比較常用的有MALDI-TOF或ESI。一般是將目的蛋白用胰酶水解，使其裂解為以堿性氨基酸為C-末端的肽段，然后用質譜檢測組成肽段的分子量，再與已有數據庫中各蛋白質譜結果比對，從而鑒定蛋白質。
因此，質譜是一種特征譜，鑒定前提是你的蛋白是已知的。一級質譜不能直接測出氨基酸的序列。如果是做蛋白表達，那么應該是一種已知蛋白了，可以用質譜鑒定。
其實關于蛋白質質譜，有關參考書很多，介紹也很詳細。可以查閱一下。向你推薦《蛋白質與蛋白質組學實驗指南》（Proteins and Proteomics: A Laboratory Manual），科學出版社2003年的，可以說是這方面的權威了。
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